为加强疫情期间公共交通安全，州长葛谟(Andrew Cuomo)和市长白思豪(Bill de Blasio)30日宣布将从5月6日起每日凌晨时段地铁将暂时停运，大都会运输署(MTA)将对地铁车厢和地铁站，以及公交、大都会北方铁路(Metro North)、长岛铁路(Long Island Railroad)等展开更高强度清洁消毒工作。

通过30日宣布的新举措，地铁将从5月6日起的每日凌晨1时至5时暂时停运，保证每节车厢和472个地铁站能够在每24小时都进行清洁消毒。并且，大都会北方铁路、长岛铁路也将以每24小时的频率进行清洁消毒，但运行班次暂不受影响。
在地铁系统暂时停运的上述时段，大都会运输署将提供公交、出租车辆、小巴等作为替代交通工具，并通过必要交通项目(Essential Connector Program)，在停运时段为医疗机构、超市、药店等 疫情一线工作人员提供免费交通服务。疫情一线工作人员在5月6日起的地铁停运时段，使用其工作证，每晚可免费搭乘出租车辆2次，最大程度确保他们能够正常出行。
白思豪表示，新举措推行之后，纽约市警(NYPD)以及大都会运输署等部门工作人员届时将负责执法，禁止任何人在地铁站或地铁车厢过夜。纽约市警尤其将加强针对在地铁站或地铁车厢过夜的游民群体的援助力度，例如重新安置游民，并向他们提供食物和心理辅导等。
自新冠肺炎疫情爆发以来，纽约市地铁系统的乘客流量总计下降了92%。据统计，每日凌晨1时至5时为地铁客运量最少的时段，乘客流量约为1.1万人左右。而在纽约疫情开始之初，大都会运输署以每72小时的频率对地铁和公交展开清洁消毒，被公共舆论质疑疫情防控工作不足。
大都会运输署29日并宣布新措施，不允许任何人在地铁站内逗留超过1小时，若搭乘的地铁服务临时取消，乘客也不得在站台或车厢内继续逗留。截至29日，MTA已有96名员工死于新冠肺炎。