在肺炎疫情爆发后，解放军机曾先后四次绕台，其中还曾一度逾越海峡中线。当被问及是否担心区域间会有零星冲突时，海基会前董事长洪奇昌表示，他有相同的忧虑，他认为下半年还是会继续看到中国对台湾进行武吓。在台湾的陆委会主委陈明通周一(30日)也证实，台湾曾在二月初希望透过两岸第一班包机捐10万份防护衣给对岸，不过却遭到执行任务的东航以作业不及而作罢。

前海基会董事长、台湾产经建研社理事长洪奇昌在两岸政策协会举行的“新冠疫情下的两岸关系”座谈会中提到，在美中两个战略竞争情况下，他对于台海、东海、南海局势感到忧虑。不过，洪奇昌指出，东海方面，日中之间有相当透明的机制管道在处理它们海空的问题。但是在南海、台海机制还没有建立。