祭祖是马英九此次访陆行程的重要安排。北京时间4月1日上午，马英九偕家人回到老家湖南湘潭县茶恩寺镇和白石镇祭祖。他在祖坟前哽咽道：“这是我一生第一次来大陆祭祖与探亲，内心非常感动，您的遗训使我们子女都懂得自爱自强，为善助人，尽忠职守。”

马英九4月1日祭祖上香。

综合中央社、台北中时新闻网报道，马英九和姐妹马以南、马乃西、马冰如、马莉君等家人向祖先牌位上香，并献上鲜花等祭品。

马英九在祖坟前用湖南话读完祭文，并以手帕擦拭眼泪。他提及自己8年任期，称自己任内秉持读书为善的家训，并努力做到清廉、勤政、爱民。更积极推动两岸和平发展，提出“和陆、亲美、友日”的大战略，让这个8年成为台湾与大陆隔海分治70年来最和平繁荣的阶段。

据悉，马英九离开祭祖地时，当地乡民大喊“马先生好”，马英九则回应“大家好”。

深圳直新闻称，马英九非常重视这次祭祖。他在出发前说，自己今年将满73岁，能够踏上大陆土地，到湖南老家祭祖，看看父母当年的足迹，“对我个人意义重大。我们中华文化讲究慎终追远，我想各位都能理解”。

马英九祖父马立安当年住在白石镇寺门前渡口附近，马英九父亲马鹤凌就出生在这里。按照《六修湖田马氏族谱》及湖田马氏的班辈歌“世士尚志，学遵大人，英才继起……”马英九的父亲是“人”字辈，马英九的“英”字辈是湖田马氏第22代。马英九的父亲名“人初”，号“鹤凌”。